写信给荀彧，准备退守许昌。荀彧回信说：“今军食虽少，未若楚、汉在荥阳、成皋间也。是时刘、项莫肯先退，先退者势屈也。公以十分居一之众，画地而守之，扼其喉而不得进，已半年矣。情见势竭，必将有变，此用奇之时，不可失也”（《三国志·魏书·荀彧传》）。曹操采纳其建议，继续坚守待机。不久，许攸家人犯法入狱，许攸怒而投奔曹操，献计偷袭乌巢。曹操遂以奇兵袭乌巢（参见乌巢之战），斩淳于琼等人，歼灭袁军7万余人，袁绍仅带800骑兵渡河北逃，从此一蹶不振。曹操最终取得这场战略决战的胜利，奠定了统一中国北方的基础。

而“审配以许攸家不法，收其妻子，攸怒叛绍；颜良、文丑临阵授首；田丰以谏见诛”等，和荀彧所预见的完全一样。

曹操取得官渡之战胜利，袁绍败退北走，遣军屯于仓亭（今山东阳谷境）。建安六年（201）三月，曹操欲南击曾与袁绍结盟的荆州刘表。荀彧认为：“今绍败，其众离心，宜乘其困，遂定之；而背兖、豫，远师江、汉，若绍收其余烬，承虚以出人后，则公事去矣”（《三国志·魏书·荀彧传》）。曹操纳其计，遂于四月挥军北进，扬兵于黄河之上；对驻守仓亭的袁绍军发起攻击，一举歼灭仓亭袁军。至此，袁绍主力丧失殆尽。九月，曹操班师返许（今河南许昌东）。次年（202）五月，袁绍因兵败惭愤，呕血而亡。

建安八年（203），曹操上表，封荀彧为万岁亭侯。正在担任尚书令的荀彧看到了曹操的表文。他非常谦虚，认为自己没有战功，把表压了下来。因此，曹操又写信给他说：“同你共事以来，你帮着纠谬辅政，荐举人才，提出计策，周密谋划，做得已很多了。立功不一定都靠作战，希望你不要推让。”荀彧这才接受万岁亭（在今河南新郑县内）侯的封爵。

建安九年（204），曹操攻克邺城，领冀州牧。有人对曹操说：“宜复古置九州，则冀州所制者广大，天下服矣。”曹操将要从之，荀彧却反对说：“若是，则冀州当得河东、冯翊、扶风、西河、幽、并之地，所夺者众。前日公破袁尚，擒审配，海内震骇。必人人自恐不得保其土地，守其兵众也；今使分属冀州，将皆动心。且人多说关右诸将以闭关之计；今闻此，以为必以次见夺。若一旦生变，虽有守善者，转相胁为非，则袁尚得宽其死，而袁谭怀贰，刘表遂保江、汉之间，天下未易图也。愿公急引兵先定河北，然后修复旧京，南临荆州，责贡之不入，则天下咸知公意，人人自安。天下大定，乃议古制，此社稷长久之利也”（《三