革新派多次邀请真崎作为证人出庭。但是每次都被真崎拒绝。他以除非是天皇亲自要求出庭才出庭作为理由。不过，他的坚持半途而废，最终还是答应出庭。可是就在他出庭的翌日旱晨，著名的‘二二六‘事件爆发。

1936年2月26日黎明时分，“皇道派”的一群青年军官率领的近卫步兵第三联队为中心的1500名日军人，袭击了首相官邸等数处枢要部门，杀害了内大臣斋藤实、教育总监渡边锭太郎和大藏大臣高桥是清。重伤天皇侍从长铃木贯太郎，之后占据永田町一带达四天之久。这些“皇道派”军官起事的目的是“尊皇讨奸”，实行“昭和维新”，实际上起事的缘由却是“皇道派”与“统制派”之间、部队军官与幕僚军官的长期倾轧。以至最终反目，从而酿成了这起震惊天下的突然事件。

那次的袭击是早上 5点钟开始的。但在袭击开始的30分钟之前，真崎就已经接到知情人士的通报，被告知部队出动的武装起义将开始。但是他没有采取任何措施。而是任由事变的发生。如果真崎在接到通报的时候及时加以阻止，也许能制止这场武装暴动。也许当时他抱着侥幸的心情。如果这次起义成功，说不定属于他的时代将再次来临。所以，他将这则消息隐瞒了下来。

而随着裕仁天皇下诏讨伐“叛军”，二二六事变被平定。真崎也在4月21 日开始接受宪兵的审问。再往后的1个月里他接受了共达6次的调查，7月6日，真崎以“企图利用叛乱军”的罪名被陆军刑务所拘留。这是日历史上第一次有陆军大将级别的人狱，没有比这个更大的耻辱。

而真崎甚三郎入狱之后，在预审的时候就否认一切控诉理由，主张自己是冤枉的。日军方虽然尽量给他创造良好的物质条件，但是狱中生活对真崎甚三郎来说实在是是无比的耻辱和痛苦。在这种精神压力下，他的身体一天不如一天。预审在9月16日结束。但这时的真崎已经面临崩溃。从1937年的元旦，他开始绝食，也拒绝跟家人的见面。军方担心他有自杀倾向，安排他住院治疗。2月20日出院。6月1日军法会议公判召开，真崎依然坚决否定一切控诉理由。

后来，军法官矶村年大将对另一位陆军大将荒木贞夫说，真崎只有死罪和无罪，既然他不肯依照武士道原则自杀，那就只好放了他。

可下令把真崎甚三郎关起来的，正是寺内笀一，为了怕这位大将脸上不好看，不得己，大营就将寺内笀一外放为华北派遣军司令。而寺内笀一到中国之后没几天，真崎就被判无罪释放。

土肥