月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”，奇迹般地挡住了后金的凶猛进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。

崇祯二年（1629），皇太极率军避开宁锦，绕道内蒙，从喜峰口突入塞内，相继攻陷遵化、迂安、滦州、永平，直指北京。此事所谓“己巳虏变”。

一时，明廷乱作一团。而袁崇焕的下狱，又导致军心涣散，将士东归。在此危难之际，承宗力保祖大寿，明廷亦再次起用孙承宗，“诏以原官兼兵部尚书守通州”，统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。其后协调各路军队，联合行动，经数月艰苦作战，取得“遵永大捷”，并于崇祯三年（1630）五月将后金军驱逐出关。

孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的

明金对阵图

大凌河、右屯二城。崇祯四年（1631）七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，动工筑城才二十天左右，大凌河城墙刚刚修完，雉堞仅修完一半，后金突然兵归城下，并于当天开始围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗伟往救”。但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山”。至十月，大凌河已被围三月，守军粮尽援绝，祖大寿假降奔还锦州，“城复被毁”。大凌河失守，引起了明廷内部的互相倾轧，“延臣追咎筑城非策，文章论禾嘉及承宗”。孙承宗连疏引疾，求退。

崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。

壮烈殉国

孙承宗回家之后，开始埋头于《督师全书》《古今中官志》、《高阳集》等著作之中，还经常与鹿善继、孙奇逢等人切磋学问，同时教育子孙，助民致富。

崇祯九年，金兵又从西线入关，退休在家乡江村讲学的鹿善继入定兴县城御敌，城破牺牲。孙承宗前往哭灵，祭奠忠魂。