自中美洲的洪都拉斯，但它三战中一和两负，仅得1分出局。

本届的第二轮（淘汰赛）16个席位中。欧洲球队只占6席，是自1998年实施决赛周32支球队赛制以来。最少欧洲球队的一届（过往各届第二轮赛事，欧洲球队通常最少稳占一半以上席位），再加上由于欧洲球队在小组赛的表现各有不同，6支欧洲球队受在小组排名的影响，刚好分配在3场比赛内（即欧对欧），故最终也只有3支欧洲球队能晋身八强，也是历来最低。南美洲的5支球队则全数晋级，是自1990年以来，再次全数进入决赛周的南美球队能晋身第二轮；亚洲和中北美洲各有两支球队晋级，其中韩国、日本和美国更是自2002年以来，再度齐齐晋身16强，也是自该届以来，再次有亚洲球队顺利晋级。

而淘汰赛阶段，首场由乌拉圭对首次在非主场世界杯赛中晋级的韩国，最终乌拉圭以2:1晋级八强。唯一晋级的非洲球队加纳在另一场16强透过加时赛的进球淘汰了美国，成为自1990和2002年以来，非洲球队获得的最佳成绩，也是历届世界杯上第三支晋身八强的非洲球队。巴拉圭对日本的小组赛，两队在90分钟法定时间内和30分钟加时赛也未能决胜负，成为本届首场须以12码决胜的赛事，最后巴拉圭击败日本晋身八强，是巴拉圭历届世界杯的最佳成绩。在最后一场16强比赛中，西班牙凭比利亚的进球以1:0小胜葡萄牙晋身八强。

德国对英格兰的比赛，德国队以4比1大胜英格兰队，晋身八强。在这场比赛里面，出现了巨大的悬案，英格兰于比赛早段因后防两次失误落后1比2。然而战至38分钟，英格兰中场兰帕德一记远射中楣，皮球明显越过白线至少50厘米。然而当时裁判及助理裁判均认为皮球并未越过白界，英格兰错失追平比分的机会，下半时开始后，因为比分落后导致全线压上进攻，被德国再入两球。

事件之后震惊全球，包括路透社，法新社以及美联社纷纷在头条撰文抨击当事裁判以及国际足联对误判的妥协政策，据说正在加拿大召开g20峰会的德国总理默克尔与英国首相卡梅伦共同通过电视收看当天比赛直播，赛后默克尔亲自向卡梅伦致歉，国际足联主席布拉特赛后则表示裁判误判是“人之常情”，对于各方建议的现代科技辅助判罚系统，他表示国际足联将会重启引用录像技术“辅助”裁判执法的讨论。当时解说席上的韩森直接用世界杯历史最严重误判来形容此事，声称以自己的比赛经验，无需看慢镜头，从门将诺伊尔的移动和位置、以及兰帕德射门