大赏有功将士。庞岳以大功升任左军都督府都督，授光禄大夫，建衙岳州。左军都督府虽然只是五军都督府之一，没有当年的大都督府的那种超然的地位，却可统辖数个都指挥使司即数省卫所，职权不容小觑。并且，隆武帝为表对庞岳的信任和器重，取消了原左军都督府中的左、右都督设置，只设都督一名。湖广都指挥使司、江西都指挥使司都由左军都督府统辖。

而作为清军南侵期间以身殉国的最高级别地方大员，何腾蛟也得到了身后殊荣。隆武帝下诏厚葬其回老家贵州黎平府，为之罢朝三日，予以隆重祭奠，追谥文烈。并拔擢其子何文瑞入都察院。湖广总督一职则由堵胤锡接任。

第二年即隆武五年四月，隆武帝下诏将行都迁至桂林。原常德总兵官马进忠、滇营胡一清等部移驻贵州，合并为贵州镇，马进忠、胡一清分别任正、副总兵官。原攸县总兵官黄朝宣私通鞑虏，后又举兵抗拒朝廷查问，被庞岳率军平定。

五月，隆武帝再度下诏，除湖广镇原有各营外，湖广、江西两省各地非督抚标营的兵马，如张先壁、郝永忠、金声桓等部也都听命于左军都督府。隆武帝亲赐“左府军”之名，并将改编左府军下辖兵马的权力下放给庞岳，事后只需向朝廷报备即可。自此之后，“湖广镇”的旧称成为历史。

当月接了旨，庞岳便开始着手改编事宜。先按照当初组建岳州营和永定营的老办法，对张先壁、郝永忠部和金声桓部进行改编，三部的骑兵都收归左军都督府直辖，步卒都去粗存精、各自缩编为一个营。张先壁旧部改编为九江营，郝永忠旧部改编为南昌营，金声桓旧部改编为赣州营，采用和原湖广镇各主力营相同的编制，并加强了教导营分配来的督导官和部分基层战斗骨干，分别驻九江、南昌和赣州。张先壁和郝永忠都对此没有什么异议，事实上，自从亲眼目睹了谭泰全军覆没的那一战之后，他们就再也没有表露过一丝一毫的异议。和王光泰和郑四维一样，他们很快也主动交出了兵权，去广东过逍遥自在的老爷日子去了。金声桓却还不想告别戎马生涯，庞岳尊重他的意愿，先安排他去了辰州的教导营学习新军战法，日后再行任用。

水师方面，从原来的两营内河水师伏波营和洞庭营各抽调部分骨干，组建第三个水师营，营号鄱阳营，驻防九江。

在改编进行的同时，庞岳又在原湖广镇教导营的基础上筹建辰州军事学院，作为左府军培养各级指挥人才的基地，首任院长由原教导营营官沈士元担任。

七月，为了呼应山西姜瓖的反清，庞岳奉诏