大岛久直、伏见宫贞爱等人也没有了再争论地兴致，所有的人都不约而同的把目光投向了桦山资纪，静静地等待着总督兼台湾军务司令官做出最后的决定。

此刻的桦山资纪只可以用万刃穿心来形容。天皇选择自己作为台湾的第一任总督，其中寄予了多大的信任和希望啊！然而这几个月以来，不但南进行动损兵折将，屡受挫折，而且连已经占领的台北地区也出现了如此大的纰漏，真是愧对天皇、愧对帝国呀！虽然放弃南进已取得的战果，确实令人心有不甘，但从目前的情况来看，仅仅依靠台北现有的军队，显然没有能力将占领区的抵抗力量一举荡平。再说狮球岭隧道断绝、基隆港军火仓库被炸，已经使得皇军继续南进的战略难以为继，再打下去也只不过是自取其辱罢了。桦山资纪暗暗叹了一口气：亡羊补牢，但愿还不算晚！

抬起头扫视了一眼与会众人，桦山资纪沉声说道：“台北地区是大日本皇军立足台湾的根本，它的稳定对帝国未来在台湾的命运至关重要。目前，台北各地的兵力十分紧张，很难应付支那人此起彼伏的骚扰和袭击，不解除这种威胁，大日本皇军将永无宁日。我建议，暂时停止对竹南的作战准备，从各地临时抽调到新竹附近地区的兵力都各归其部，务必保证台北地区治安的稳定。”

会议室中一阵沉默，众人都明白桦山资纪这番话的意思，其实就是意味着此次南进行动将再次无功而返。扫荡部队撤回，新竹－台北之间的粮道必将重新断绝，没有了物资弹药的补给，第二旅团也只能从新竹撤退。之所以没有直接下命令，只不过是不想太扫北白川宫能久亲王和伏见宫贞爱亲王等军方将领的面子而已。

10月6日，日军在台北－新竹间的扫荡部队全部撤回台北各地。10月10日，北白川宫能久亲王率近卫师团及东路军残部黯然从新竹、大湖口、龙潭陂等地撤退。自此，日军进攻新竹的第二次南侵行动终以失败告终。