部分人的交口称赞，也使得很多原本有争议的变革设想，赢得了大多数人的认同。就连人们争论最多的“在旅顺、大连建立经济特区”的设想，也由于慈禧的一句“祖宗之制，应因时制宜，因时变而制宜适也。”以及获得了张之洞、刘坤一、李鸿章和王文韶等几个最具实力地方大员的一致支持而顺利得以通过。

只是总的变革方针虽然定了下来，但在确定每一项改革的具体实施方案时却又掀起了波澜，特别是建立经济特区和编练新军这两件事更是成为了人们争论的焦点问题。

建立经济特区是一个新事务，几乎没有人知道究竟该怎样进行，因此如何筹建以及让什么人来负责这件事就成了一个颇费思量的问题；而编练新军则属于老问题，早在黄海海战之后，在北洋舰队当差的洋员德国人汉纳根就向清政府提出了“改革军制，筹建新军”的建议。

汉纳根在其所上的《条陈节略》中称：“以今而论，与倭大战，恐无胜理。惟有阻遏倭人，不敢长驱直进，才可以慢慢利用持久的力量和人数上的优势转移局面，取得最后的胜利。”另外，他还针对中国的军力提出了“赶练10万新军以备大战，添购船炮以固海军”的具体制胜方案。

汉纳根的这些建议令光绪颇为动心。为此，清政府于1894年11月2日，成立了以恭亲王奕訢为督办，以庆亲王奕匡为帮办，翁同龢、李鸿藻、荣禄、长麟为会办的督办军务处。其后十余日，督办军务处大臣就练兵数量、外员聘用、经费来源等问题进行了反复的商议。几经争论修改，终于敲定了“以中员为督办、由户部筹款，四个月练兵五千人”的编练新军方案。

11月15日，光绪发布上谕：“详察汉纳根所议，实为救时之策。著照所请，由督办王大臣谕知汉纳根，一面迅购船械，一面开招新勇，招募洋将即日来华，赶速教练成军。所有一切章程，均责成臬司胡燏棻会同该员，悉心筹画，禀明督办王大臣，立予施行，不令掣肘。”就这样，胡燏棻遂在天津卫马厂（旋移驻小站）开始练兵，到1895年3月14日，共编成新军10营，名为“定武军”。但这5000人的新军仅仅是采用西式训练，在编制上仍未突破淮军每营500人的成案，并不能算是真正意义上的军制改革。

如今，由于冯华、张之洞、刘坤一和袁世凯等人一再提出编练新军的议案，因此光绪决心进一步加大军制改革的力度。可是在具体编练多少新军，以及由谁编练的问题上帝后两党却再一次展开了针锋相对地较量，每一方都想把这股具有举足轻重作用