案后，于今年9月底转入地下。浅见定雄教授强调，只要奥姆真理教的本质没有变化，不解散该教就将遗患无穷。奥姆真理教宣扬的“杀人合理”的教义、教祖和组织，至今都同制造东京地铁沙林毒气事件前一样继续存在。对该教犯下的一系列罪恶行径，他们一次也未承认过自己的罪责，更谈不到赔偿。文章指出，奥姆真理教这一邪教团体如继续存在下去，将是一个很大的潜在威胁。因而绝对不能允许这种组织再继续存在下去。

1999年11月，正当日本国会众议院讨论通过旨在打击奥姆真理教的“团体限制法法案”时，该教致函日本首相小渊惠三，暗示他们将对其组织犯下的罪行作出道歉。这封信是由奥姆真理教代教主村冈立子签署的，信中说奥姆真理教知道其成员在搬进新的社区时常遭到敌视。“我们不能否认，这个问题是我教对教徒被指控干下的一系列罪案没有清楚表态造成的。”在信中，村冈立子还详细列出了奥姆真理教不对社会构成威胁的理由。

日本国会众议院18日下午在全体会议上以多数赞成通过了有关打击日本邪教组织奥姆真理教的两个法案即《关于过去引起过无差别大量杀人行为团体法案》(简称《团体限制法法案》)和《救济受害者法案》。这两个法案已在12月3日在参议院通过，12月27日付诸实施。

日本政府旨在通过这项法案的实施，搞清奥姆真理教的实际情况，限制它的活动。法案明确表示要对“曾肆意进行大规模谋杀的”团体加强监控。法案的主要内容有：三年期间内对有关团体进行观察，团体每隔三个月要进行一次汇报，团体的设施要接受检查；当团体的危险性增加或妨碍检查时，将没收或禁止使用团体设施，将禁止向它捐款，禁止它的骨干进行活动等。法案还禁止被限制对象取得或使用与宣扬邪教有关的场所和设施，禁止被限制团体劝诱民众加入邪教组织等。这样，奥姆真理教就成了法案限制的对象。

12月1日，奥姆真理教代表村冈立子发表声明说，“我们得出的结论是，我们无法否认当时确实有一些教徒涉及这些事件。”这包括1995年3月20日东京地铁投毒事件。村冈立子说：“我对受害者和他们的家属做出由衷的道歉。”奥姆真理教企图通过这样的声明来减缓社会压力，从而阻止日本参议院通过限制该教的法案。

1999年12月2日，日本首相小渊惠三对记者说，“无论如何该教派被法律视为造成沙林事件的罪魁祸首，一个滥杀无辜的宗教组织。”“立法的目的”是要制止该教犯下像沙林袭击