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警方这次搜查了25处场所，初步确定了奥姆真理教与地铁惨案的关系，奥姆真理教的一些头目也陆续落网。然而奥姆真理教信徒企图反扑，3月30日负责调查此案的警视厅长官国松孝次遭蒙面枪手袭击，身受重伤。4月13日该教一名信徒在电视台接受采访时警告，一场比神户大地震更加严重的灾难即将来临。

4月19日，横滨火车站遭毒气侵袭，近400人送入医院。21日，横滨火车站附近一家商店受到不明气体侵袭，25人被送到医院。27日日本警察厅下令在全国搜捕奥姆真理教教主麻原彰晃。奥姆真理教在日本所有的总部、支部都被秘密地监控着。除了较早时已以各种名义扣留的奥姆教骨干外，“奥姆帝国”的核心人物，包括麻原“天皇”、各部“大臣”，都在警方的严密监视之下。在“奥姆帝国”总部，虽然停放着一架前苏联的军用直升机，麻原也插翅难逃了。这个邪教总头目只能藏匿在上九一色村营地，等待警方来破门拘捕。

警方发现了麻原的行踪后，于5月16日派遣几百名头戴钢盔、全副武装的警察奔赴上九一色村抓捕麻原。警察用焊枪烧开奥姆真理教总本部的大门，进行全面搜查。当搜查人员拆开第六奥姆真理堂二层与三层之间只有一尺高的密室厚板时，发现麻原正藏在这个密室之中。“法力无边”而具有“飘浮神功”的奥姆真理教的“神圣法皇”此时却乖乖地束手就擒。日本警视厅以杀人和杀人未遂罪逮捕了奥姆真理教教祖麻原彰晃，同时还袭击了该教在全国的130多个据点，抓获40多名头目和教徒。警方发现有足够证据证明东京地铁沙林事件系奥姆真理教所为。

四

1995年东京地方法院剥夺了“奥姆真理教”的法人资格，但在东京高等法院的二审裁定中，表示“解散命令并不带有禁止或限制信徒宗教行为的法律效力”。由于核心人物村井已于4月24日被杀，涉及奥姆真理教的一系列案件尚有疑点，致使对麻原的公审未能早日进行。

1996年5月24日日本律师联合会通过决议，反对根据《破坏活动防止法》宣布“奥姆真理教”为非法。1996年7月日本公安审查委员会提出建议，依照《破坏活动防止法》，宣布“奥姆真理教”为非法组织。但1997年1月，司法部门又认为没有足够充分的证据证明奥姆真理教对社会构成直接或间接的威胁。这实际上默认了奥姆真理教继续存在合法性。

由于对邪教势力处理不力，奥姆真理教近来有死灰复燃之势。1998年12月