时出现了茅山、阁皂等派别，天师道也重新兴起。在理论方面，陈抟、张伯端等人阐述的内丹学说极为盛行。

金朝时，在北方出现了王重阳创导的全真道。后来，王重阳的弟子丘处机为蒙古成吉思汗讲道，颇受信赖，并被元朝统治者授予主管天下道教的权力。而同时，为应对全真道的迅速崛起，原龙虎山天师道、茅山上清派、阁皂山灵宝派合并为正一道，尊张天师为正一教主，从而正式形成了道教北有全真、南有正一两大派别的格局。

明代时，永乐帝朱棣自诩为真武大帝的化身，而对祭祀真武的张三丰及其武当派大力扶持。此时，道教依然在中国的各种宗教中占据着主导的地位。

清**始，满族统治者信奉藏传佛教，并打击汉家思想的灵魂——道教。道教从此走向了衰落。

;