以上三例亦内丹家之说，偏重于命功。

以上所举有关玄关的六种说法，前三种属心理境界，后三种属生理境界。《性命圭旨》对玄关一事曾反复阐述，主要是就心理境界〈无部位〉而论，但亦有“一条直路少人寻，寻到山根始入门”之说〈山根在鼻柱上端两眼之间，属身体部位〉，似又以生理上的山根为玄关〈玄窍或祖窍〉。另同书“普照图”示三关之窍又说“此关者心源性海之窍，中关者黄中正位之窍，下关者关元气海之窍，是皆玄窍也”。这样，不但有部位，而且是三处，对此究应如何理解？《玉清金笥宝录》谓：“先就有形之中〈身体部位〉寻无形之中，乃因命而见性也；就无形之中〈心理境界〉寻有形之中，乃因性而见命也。先性故难，先命则有下手处，譬之万里虽遥，有路可通，……彼以此性制命，我以命制性也。”意谓如不从存守身体部位入手，而直接置心于“空洞无涯”之境较难，因此，“空洞无涯”是玄关的心理境界，而上根可为修玄关之入手处所。至于普照图以三关为三玄窍，以及其它著作中，以练功过程中步步皆有“玄妙机关”而统指称玄关者，可谓广义之玄关。另《道藏续篇初集》载石庵于语：“山根一地亦名玄牝，于此存观，学到一念不生，自能豁然内辟，神由黄道直达中黄，自觉宽广高深无际，乃为内玄牝”。据此，又可以身体部位〈如山根等处〉为外玄牝，而以心理境界〈豁然内辟，宽广无际；空洞无涯〉为内玄牝，或说可由外玄牝入手，以求内玄牝。石说亦可为因命见性立一种解释。再，《张三丰全集.道言浅近说》由谓：“大道从中入门，所谓中字者，一在身中，一不在身中，功夫须两层做：第一寻身中之中，朱子云守中制外，夫守中者，须要回光返照，注意规中，于脐下一寸三分处不即不离〈即似守非守〉此寻身中之中也：第二求不在身中之中，《中庸》云“喜怒哀乐之未发，此未发时不闻不见，戒慎幽独，自然性空神清，神清气慧，到此方见本来面目，此求不在身中之中也，以在身中之中求不在身中之中”。这是从脐下入手之说。修内丹功法，从山根入手者谓之先性后命，即所谓“先修定于离宫，后求铅于水府”，至玄关呈象，丹田火发再以性会命，性命会合；以脐下〈或脐中，脐内〉入手者谓之先命后性，以命制性〈铅来制汞〉。此两种法门皆为内丹家所常用。亦有从夹背入手者谓之上下〈性命〉兼顾〈《性命圭旨》的练法是先山根后转夹脊〉。

除上述外，尚以有观想体外虚悬一光环为玄关者〈其具体方法是：闭目观想在印堂前方约